mNGS 检测技术简介
mNGS 全流程包含样本预处理、核酸提取、文库构建、文库定量、上机测序等湿实验环节,以及数据质控、比对、分析等干实验环节,其中湿实验环节各阶段均需要特定的实验试剂来完成相应的反应流程。
太阳2注册中心通过多年的试剂研发,相继推出去宿主试剂盒、DNA/RNA 抽提建库试剂盒和 NGS 文库定量试剂盒。
去宿主试剂盒
产品用途
本试剂盒用于去除高人源样本(包括肺泡灌洗液、胸腹水、脑脊液、痰液等)的宿主 DNA,从而对微生物产生富集效果。经验证,本试剂盒能有效富集样本中细菌、真菌、DNA 病毒、衣原体、支原体等临床关切的病原微生物,大幅提升 mNGS 的检测灵敏度。
产品优势
低耗时:总时间约为 15 分钟(其他方法约 2-4 小时)
高效率:微生物总序列数占比平均提升 29.4 倍。
去宿主益处
1. 提升微生物检出率,降低假阴性率。
2. 提升检出微生物 RPM,增加鉴定可信度。
3. 提高微生物分辨率,鉴定到种,甚至亚种。
图. 肺泡灌洗液样本去宿主前后微生物检出率对比
DNA/RNA 抽提建库试剂盒
产品用途
本试剂盒用于样本核酸提取和匹配 Illumina 高通量测序平台下的宏基因组文库构建,包含 DNA/RNA 提取、RNA 逆转录(RNA 测序)、DNA/cDNA 片段化、末端补平、末端加 A、连接测序接头、文库纯化等步骤,从而构建出可用于 Illumina 高通量测序平台的文库。
产品优势
检测结果更真实
首用 PCR-free 免扩增建库技术,规避 PCR 偏好性和气溶胶污染风险,反映样本真实病原。
检测功能更多样
独创 Q-mNGS 定量技术,对样本中人源和病原体核酸进行定量检测,实现真/假阴性结果排查和抗感染疗效监控。
污染防控更高效
卡盒式检测流程,单样本单卡盒独立空间检测,规避样本间较差污染风险。
图. 检测性能对比:PCR-free 建库 vs. PCR 建库,待检微生物检出 RPM 一致。
NGS 文库定量试剂盒
产品用途
本产品可用于 illumina 测序平台文库进行快速、特异性的定量测试。优化的预混液可缩短 real-time PCR 反应时间,适用于标准或快速 PCR。即用型预混液中的热启动酶和独特的 PCR 缓冲体系可确保在所有 real-time PCR 仪上进行灵敏的 qPCR,无需优化。
操作流程
1. 按照下表设置反应程序
阶段 | 循环数 | 温度 | 时间 | 备注 |
预变性 | l× | 95℃ | 3 min | 酶活性激活 |
变性 | 25× | 95℃ | 5 sec | / |
退火涎伸 | 62℃ | 45 sec | 荧光信号收集 | |
熔解曲线分析 (Melting Curve Stage) |
*熔解曲线分析为可选的,但在某些情况下,熔解曲线可以反应文库是否有非特异性扩增及引物二聚体的污染
2. 配置预混液 Mix (根据需求选择反应体系)
ROX 参考染料
根据选择的仪器在反应体系中加入 ROX 参考染料,将反应体系中的荧光信号标准化。下表为不同仪器操作时所需的 ROX 量(10 μL 反应体系)。
仪器 | 每 10μL 反应体系所需的 ROX 量 |
ABI 7300、7900HT、Step One 等 | 1 μL |
ABI 7500、7500Fast、ViiA7、Stratagene、 Mx3000TM、Mx3005PTM 以及 Mx4000TM | 0.2 uL |
Roche 仪器、Bio-Rad 仪器、Eppendorf 仪器等 | 无需添加 |
组分名称 | 10μL 体系 | 20 μL | ||
Rox | No Rox | Rox | No Rox | |
QuantFast SYBR Green qPCR SuperMix | 5.0μL | 5.0 μL | 10.0μL | 10.0μL |
Primer Premix | 1.0 μL | 1.0 μL | 2.0 μL | 2.0μL |
50xROX Dye(见上表) | 1.0 μL | / | 2.0 μL | / |
Nuclease-Free Water | / | 补至 16 μL | 补至 16μL |
3. 待测样本:
(1) 10 μL 体系按照 6 μL/孔分装 Mix,再加入 4 μL 的模板/标准品(1-5);
(2) 20 μL 体系按照 16 μL/孔分装 Mix,再加入 4 μL 的模板/标准品(1-5)。
4. 阴性对照(NTC):
(1) 10 μL 体系 :直接取 10 μL 的 Mix;
(2) 20 μL 体系 :直接取 20 μL 的 Mix。
5. 盖上反应管,轻轻混匀,可稍微离心,确保所有组分都在管底。
6. 将反应体系置于荧光定量 PCR 仪中,收集数据并分析结果。
7. 数据分析:
荧光定量结果应满足:
Slope:-3.1 ~ -3.6,R² ≥0.99,Eff%:90% ~ 110%,NTC 读数为 0 或 Undetect。
8. 计算文库浓度
采用绝对定量的方法,通过 452 bp 的标准品计算文库的浓度
文库浓度=QPCR 浓度*标准品片段大小(452 bp)/文库平均片段大小*稀释倍数