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1,杰毅本地化解决方案的包含了哪些内容?
杰毅本地化解决方案包含微生物破壁仪、NGSmaster™自动化建库仪、仪器配套卡盒以及提取建库试剂、病原微生物基因数据分析软件及服务器,搭配 illumina 高通量测序仪为一整套病原微生物本地化解决方案,可以为医疗机构快速实现本地化开展病原微生物检测。
2,杰毅本地化解决方案适配的测序平台有哪些?
NGSmaster™自动化建库仪可搭配 illumina nextseq500/550、Miseq 等测序仪。
3,杰毅病原宏基因组本地化解决方案从样本到报告需要多长时间?
使用杰毅病原宏基因组本地化解决方案,从标本到出具报告<13 小时。
4,NGSmaster™自动化建库仪的通量有多大?
NGSmaster™自动化建库仪标准是 4 个通道,一次可以做 1-4 个样本。每个通道之间相互独立,互不影响,可同时对不同类型的生物样本进行处理,也可以单个样本即刻开始提取建库,灵活方便,适用于临床随时来样的检测场景,也符合紧急情况下需要快速对单个或是少数样本进行建库测序的需求。在临床样本量增加时,也可以将多台仪器进行叠加使用,最多可以叠加 24 台仪器(96 通道)。除了标准的 4 通道,还有单通道的仪器可选。
5,NGSmaster™自动化建库仪建库可以构建哪些文库,需要多长时间?
使用 NGSmaster™自动化建库仪可以进行 DNA 建库和 RNA 建库。生物样本进,文库出,提取建库过程均仪器自动完成,无需人工操作,DNA 文库 2 小时完成,RNA 文库 3.5 小时完成。
6,杰毅自动建库为什么只需要 2 个小时就能完成?
传统的建库为手工+PCR 建库方式,至少需要 6-8 小时。杰毅的文库构建使用的是 PCR-free 的建库技术,建库过程中不进行 PCR 扩增(5 步完成建库:核酸-片段化-补平加 A-连接-纯化),从而节省了大量时间(PCR 方法建库需要进行多步纯化和 PCR)。同时仪器自动建库,也大大缩短了人为操作时间,实现了 2h 可以完成文库的构建。
7,为什么要使用 PCR-free 的建库技术,有什么优势?
(1)PCR-free 建库技术无 PCR 过程,避免了 PCR 气溶胶污染的风险。
(2)PCR-free 建库无 PCR 产生的偏向性问题,让结果更真实。
(3)PCR-free 建库技术步骤少,速度快,大大缩短了实验时间。
8,NGSmaster™自动化提取建库仪可以做的样本类型有哪些?
NGSmaster™自动化提取建库仪适用的样本类型非常全面,包括血浆、骨髓、肺泡灌洗液、脑脊液、胸腹水、胆汁、关节积液、尿液、脓肿抽液、房水、其它穿刺液、组织、痰液、鼻咽拭子保存液、伤口渗出液、肛周拭子等。
9,建库完成后,样本还需要进行什么处理吗,如何进行质控?
使用 NGSmaster™自动化建库仪,建库程序完成之后,直接得到文库样本。只需要在测序前用荧光定量 PCR 仪进行文库定量质控,质控合格之后,完成 pooling 和 pooling 后质检,即可进行上机测序。
10,NGSmaster™自动化建库仪占地大吗,操作需要放在什么房间?
NGSmaster™自动化提取建库仪相比市面上常见的建库设备,体积很小(518mm*343mm*418mm),可以放置在生物安全柜内,并且由于建库使用 PCR-free 建库技术,无气溶胶污染,不需要放置在专门的 PCR 房间,一般放置在样本制备间即可。
11,数据分析是如何进行的和检测报告是怎么出具的?
杰毅本地化解决方案中,数据分析使用杰毅专门的病原微生物基因数据分析软件,该软件搭载了物种信息系统、智能分析系统、深度解读系统三大系统,并留有 his 系统接口,可以进行信息对接,可实现样本查询、管理等。可视化的报告系统,可为临床一键式出具检测报告,仅需 1 名临床医生对报告进行审核即可。测序过程中边测序边分析,最快可实现下机后 10 分钟出具报告。
数据分析可选云端数据解决方案和本地化数据方案,云端数据解决方案无需单独配置服务器,数据全面更新快。本地化数据解决方案数据安全性高更高,适用于对数据安全要求较高的机构。
12,检测的内容哪些内容?
杰毅病原宏基因组检测内容含24419种病原微生物(细菌 11027 种,支原体 54 种,衣原体 12 种,立克次体 21 种,螺旋体 48 种,病毒 11704 种,真菌 1324 种,寄生虫 229 种)和 2000 余种耐药基因。
13,杰毅本地化解决方案有什么优势?
(1)配套的微生物破壁仪,通过三维高速震荡破壁,可显著提高真菌、分枝杆菌等难破壁微生物的检出,避免漏检;
(2)NGSmaster™一站式、自动化建库系统可快速、2h 无人值守,可自动化完成样本的核酸提取和文库构建,提升检测时效性,降低污染风险,保障了生物安全;
(3)配套的卡盒式试剂盒,实验前只需要将样本和提取建库反应试剂都预先加入卡盒中,后续通过自动化建库仪自动完成提取和文库构建,省时省力。
(4)采用了 PCR-free(免扩增)建库技术,可显著提升检测时效性,规避 PCR 偏好性以及潜在的污染风险,保证结果的真实性;
(5)本地化数据分析软件集数据库、自动化分析软件、智能化 AI 解读于一体,无需生信分析人员,一键生成检测报告,测序完成后最快可 10 分钟出具报告。
太阳2注册中心技术在行业中的优势?
太阳2注册中心是专注于为临床提供分子诊断服务,秉承自主创新与追求卓越的理念,视自主研发的核心技术为生命,持续不断地在临床转化领域进行技术研发投入。自主研发了 Q-mNGS 定量技术、NGSmaster 自动化检测、PCR-free 建库技术、微生物破壁仪、去人源技术等。
1) 从样本到报告,全流程<13 小时,业内最快。
2) Q-mNGS 定量技术——可明确样本中人源和病原体核酸含量,对真/假阴性结果进行鉴别,可根据病原体含量的变化对抗感染疗效进行评估。
3) NGSmaster 病原宏基因组一体化建库仪——全国唯一的全自动一体化核酸提取建库仪,每个样本独立空间内完成核酸提取和文库构建,规避了实验员操作引入的背景菌以及样本间的交叉污染,另外全流程仅需 2 小时,提高了 mNGS 检测是时效性。
4) PCR-free 技术——依托太阳2注册中心自主研发的建库试剂,在文库构建环节去除了可能引起污染及结果偏差的多步纯化步骤和 PCR 步骤,既提高了 mNGS 时效性,又规避了这些步骤可能导致的污染和结果偏差,使 mNGS 检测结果更真实更准确。
5) 微生物破壁仪——采用三维高速振动的原理,配合不同粒径的玻璃珠,可对分枝杆菌、真菌等厚壁微生物进行高效破壁,提高其检出率;另外相比超声破碎仪可能导致核酸过片段化造成的部分病毒、细菌的漏检,杰毅自研的微生物破壁仪不会影响易破壁微生物的检出率。
6) 去人源技术——杰毅自研的去人源技术采用差异裂解法的原理,快速、高效的对样本中人源细胞进行去除,以提高微生物的检出。根据与浙大一院的科研结果显示,本方法可将微生物序列数占比平均提高 29.7 倍,且去人源全流程仅需 15 分钟(其他类似方法需 2-4 小时)。
7) 自建耐药基因检测数据库,从 2000 多种耐药基因中挑选出 40 多个与表型耐药强关联的基因,在检测病原物的同时,提供耐药信息,可以作为医生临床用药的参考。
8) 自建病原数据库,补充真菌数据。
mNGS 检测报告周期?
24 小时极致交付:实验室从标本到报告<13 小时。
外周血、脑脊液、肺泡灌洗液等常见样本类型的阳性率?
外周血 50% 左右,脑脊液 40 - 50%,肺泡灌洗液 70 - 80%
耐药基因临床符合率?
据不完全统计数据约 80%。
常见的 RNA 病毒有哪些?
样本该如何选择?
针对主要感染病灶在肺部的患者——送检样本:肺泡灌洗液> 痰液> 鼻咽拭子
针对除发热外无其他感染部位的患者——送检样本:外周血> 骨髓
针对呼吸系统感染的儿童或不适宜取肺泡灌洗液的患者——送检样本:痰液> 鼻咽拭子
针对肠道感染的患者——送检样本:肛周拭子
针对中枢神经系统感染的患者——送检样本:脑脊液> 外周血
不接受粪便样本,但可以接收肛拭子
Q-mNGS™是什么?
Q-mNGS™全称 Quality/Quantity mNGS(定量宏基因组检测),实现了人源和病原体核酸的相对定量检测,可溯源样本中病原及人源核酸的真实比例,实现真/假阴性的区分和治疗效果的监测。